В конце весны, 29 мая, после дождливой недели река Майма разлилась, и городской парк отдыха Горно-Алтайска оказался под водой. Уже на следующий день сотрудники МЧС настоятельно советовали жителям центра города покинуть первые этажи многоэтажных домов. Но река затопила не только центр.

В шесть часов утра она превратилась в бурный поток, затопивший почти половину равнинной части Горно-Алтайска. Среди горожан стали распространяться слухи о прорыве дамб или спуске озер, находящихся выше города. Действительно, в нескольких километрах на восток от Горно-Алтайска находится искусственное озеро, запруженное небольшой дамбой. Дамба была разрушена паводком, и вода пошла в Горно-Алтайск и пригороды – села Кызыл-Озек и Майма.
Наводнение в других районах Республики Алтай было связано больше с природным катаклизмом, а не с техногенными причинами, как в Горно-Алтайске. Буквально по всей республике реки стали подниматься насколько быстро, что 27–28 мая населенные пункты Ишинск и Советское оказались частично под водой. Следом из всех районов Республики Алтай стали поступать сведения о затоплении населенных пунктов и дорог. Начались перебои с поставками продуктов питания, с электроснабжением. Пик наводнения пришелся на 30–31 мая, когда федеральная трасса М-52 "Чуйский тракт" была затоплена в нескольких местах. В Горно-Алтайске был частично разрушен мост через центральный проспект, образовались многокилометровые пробки.
В зону затопления попали и многие турбазы, находящиеся в прибрежной зоне реки Катунь. Открытие турсезона на молодежной турбазе "Империя туризма" было сорвано: с территории турбазы буквально уплывали летние домики. Крупные турбазы "Турсиб", "Марьин остров", "Юность", "Шале-Прискальный", "Алтика", "Орлиное гнездо", "Славная" и многие другие полностью или частично затоплены. Целый административный и туристический район – Усть-Коксинский – оказался отрезанным от остального мира из-за разрушения дорог.

​Наводнение случилось в самый разгар предвыборной кампании главы республики Алтай Александра Бердникова, как раз посещавшего районы республики и раздававшего предвыборные обещания. В сюжетах местной ГТРК главе региона посвящена большая часть эфира: Бердников спасает детей, общается с народом, ведет переговоры с прибывшими чиновниками МЧС и Министерства обороны. В то же время в социальных сетях началось движение гражданской помощи пострадавшим от наводнения.


Люди организовали пункт приема одежды, медикаментов и продуктов питания, денежных пожертвований. В отличии от местных властей, волонтеры помогают пострадавшим жителям Алтайского края: Красногорского, Смоленского и Алтайского районов, а также жителям отдаленных районов Республики Алтай.
По сообщениям регионального МЧС, в пик паводка количество подтопленных приусадебных участков составило 1436, домов – 966. Из подтопленных домов и участков было эвакуировано 1820 человек.