Практически все эксперты связывают дело Алексея Лебедя со скандалом, который разыгрался в Совете Федерации в мае-июне этого года, когда спикер верхней палаты Сергей Миронов неожиданно потребовал лишить полномочий сенаторов от Хакасии, Ненецкого автономного округа и Приморского края. Хакасские и ненецкие депутаты уступили далеко не сразу, поставив тем самым Миронова и вместе с ним федеральные власти в неловкое положение. Что потом произошло с губернатором Ненецкого автономного округа Алексеем Бариновым, у всех на слуху - он угодил в СИЗО, а затем был отстранен от должности президентом Путиным. Нельзя не отметить, что вопрос об избрании нового члена Совета Федерации от парламента республики Хакассия до сих пор не решен. Сенатором должен был стать заместитель министра по чрезвычайным ситуациям, генерал-полковник Евгений Серебренников, именно его кандидатура была выдвинута генсоветом партии «Единая Россия». Рассмотрение вопроса о назначении нового сенатора состоится на первой же осенней сессии. Однако хакасские парламентарии по-прежнему пытаются бунтовать.
Руководитель региональных программ Фонда развития информационной политики Александр Кынев считает, что дело во все не в зарубежных поездках главы Хакасии и даже не в личном конфликте Лебедя с Сергеем Собяниным: «Я думаю, что с учетом предыдущих дел Баринова, Ищенко все это напоминает кампанию массовых зачисток потенциально неблагонадежных регионов перед предстоящей федеральной кампанией. Я думаю, что это целенаправленная кампания, которая организована на федеральном уровне. Это говорит еще о двух вещах: смена прокурора не меняет общего курса Генеральной прокуратуры. А почему Лебедь? Он один из наиболее строптивых и самостоятельных губернаторов, который давно вызывал недовольство. Можно напомнить и то, что он был одним из тех, кто, в общем-то, негативно отнесся к отмене выборов губернаторов, он достаточно негативно отнесся к монетизации, один из немногих рискнул публично высказаться. Затем были выборы Верховного совета Хакасии, когда он отказался агитировать в селе в поддержку "Единой Россия", и при его поддержке был сформирован собственный региональный блок "Хакасия", который получил очень значимый процент голосов. То есть Алексей Лебедь давно вызывал раздражение в Москве».
Сам же повод, избранный федеральными властями для возможного обоснования смещения с должности главы одного из сибирских регионов, по мнению Александра Кынева, смехотворен: «Сами обвинения, которые подобраны, они смешны. И очень многие наши депутаты Государственной думы, как известно, ездят за границу на семинары, публикуют там книги и так далее, и получить доход от издания книг не запрещено. Так что это дело явно не последнее, и я думаю, что дела еще будут. И, в общем, политика определенная формируется на наших глазах».
Ведущий эксперт Института региональной политики Ростислав Туровский видит в деле Лебедя по меньшей мере два внутренних сюжета: «Что касается первой интриги, я думаю, что для Кремля заведение уголовных дел на губернаторов - это такой своеобразный способ держать в постоянном напряжении губернаторский корпус, а также и олигархию, которая с ним очень часто связана, как это имеет место быть и в Хакасии. Пока это еще не "красная карточка", это еще предупреждение, начинается игра, и от Лебедя, видимо, ждут неких уступок. С чем могут быть связаны эти уступки - пока, на мой взгляд, не очевидно. Это может быть и Совет Федерации, это могут быть и гораздо более серьезные истории, во-первых, возможно, связанные с существующим планом объединения Красноярского края и Хакасии. И, во-вторых, интрига может быть связана с Дерипаской, потому что Хакасия - вотчина Дерипаски. Возможно, что таким образом косвенно, через Лебедя, оказывается определенное давление на одного из главных российских олигархов».