В том, что убийство первого заместителя председателя правления Центробанка Андрея Козлова является заказным, уверенны и политики, и бизнесмены. В правоохранительных органах эту версию тоже рассматривают как основную. В пользу этой версии, отмечают эксперты, многие факты - нападавших никто не видел в лицо, произведено всего три выстрела, первым убит телохранитель банкира. Следователям удалось найти два пистолета, предположительно именно выстрелами из них и был убит Андрей Козлов. Один из пистолетов оказался самодельным, другой переделанный в боевой газовый пистолет «Байкал».
«Актом мести» назвал гибель Козлова глава Российского союза предпринимателей Александр Шохин. Он пояснил, что мотивом убийства могла стать профессиональная деятельность банкира. Характеризуя Андрея Козлова как человека принципиального, Александр Шохин сказал, что «его позиция могла породить недовольство тех, кто пытался как-то договориться, но наталкивался на принципиальность Козлова и его сотрудников».
Глава РАО «ЕЭС России» Анатолий Чубайс более категоричен в оценках: «Когда госслужащих такого класса убивают - это вызов государству. Отвечать на него нужно предельно жестко, предельно оперативно и абсолютно адекватно».
Спикер Государственной Думы Борис Грызлов полагает, что политика, которую проводил в Центробанке Андрей Козлов, была успешной. За последнее время главный банк страны лишил лицензии больше сорока частных банков. Первый заместитель председателя правления Центробанка Андрей Козлов курировал в ведомстве именно вопросы лицензирования и надзора. Это и могло послужить мотивом убийства, считает Борис Грызлов: «Те действия, которые он проводил по надзору за деятельностью банков, могли привести к тому, что бандиты, которые работают в таких банках, могли заказать это убийство. Надзор был эффективный».
Совет Госдумы принял решение подготовить обращение палаты, связанное с убийством Козлова.
Депутат нижней палаты парламента Александр Агеев предположил, что «корни этой ситуации уходят в начало 90-х годов, когда из российской банковской системы путем мошеннических действий с фальшивыми авизо были изъяты огромные средства, которые шли не только на финансирование бандформирований в Чечне, но и использовались организованными преступными группами для приобретения долей в акционерных капиталах коммерческих банков».