Задолго до начала панихиды у входа в ритуальный зал в очередь выстроилось несколько сотен человек. Под проливным дождем люди молча ждали, когда двери откроются, и они смогут возложить цветы к телу погибшей. В 14 часов двери открылись. На входе стояли сотрудники «Новой газеты» и работники зала. Они отсеивали операторов, фотографов, журналистов и направляли их на балкон. По просьбе родственников Анны к гробу запретили подходить с телекамерами и фотоаппаратами.
Ровно в 14.30 началась панихида. К этому времени зал, рассчитанный на тысячу человек, был наполнен под завязку. Вереница ожидавших своей очереди растянулась еще на несколько сотен метров на улице перед зданием. В центре ритуального зала установили гроб, в его изголовье была помещена фотографию журналистки.
Панихида длилась несколько часов. На выходе из здания скорбящих встречали журналисты, с которыми они кратко делились своими мыслями. Как отметила возглавляющая Московскую Хельсинкскую группу правозащитница Людмила Алексеева, «в Чечне нет человека, который бы не боготворил Анну Политковскую. Это была ее постоянная тема, постоянная боль. Там все ее знают. Ее фотографируют на какие-то “ мыльницы ” , а потом во всех домах висят ее фотографии».
Лидер партии «Яблоко» Григорий Явлинский назвал погибшую журналистку «человеком, который действительно писал правду. В России были и другие журналисты, которые писали правду, но ее голос звучал громче всех. Она была не просто политическим журналистом, она была политическим оппонентом власти. В данном случае, очевидно, что уничтожили физически оппонента, политического оппонента. Власти начали уничтожать своих политических оппонентов физическим образом. Допускать уничтожение своих оппонентов физическим образом - это вещь серьезная. Личную ответственность за все, что происходит, несут руководители страны. Она были их прямым политическим оппонентом. Раньше такого в России не случалось».
Лидер Союза правых сил Никита Белых посоветовал не спешить с версиями случившегося: «Совпадений не бывает. Можно рассуждать по поводу того, кому было выгодно это сделать - или это подарок, или провокация, или еще что-то, но то, что это не случайное совпадение, мне кажется, это абсолютно очевидно. Безусловно, первое, что приходит в голову - это расправа с оппозицией. Может быть, это не так, но тогда тем более власть должна быть заинтересована как можно более качественно и быстро расследовать это дело. Если власть здесь не при чем, если это попытка ее дискредитировать или спровоцировать, докажите это».
Лидер движения «За права человека» Лев Пономарев подобрал в эти скорбные минуты такие слова: «Анна была абсолютно выделенным (я говорю это продуманно, и при жизни я бы сказал) журналистом. Для России это случай редкий. В западной журналистике есть такие журналисты. Она основывалась только на собственном мнении. Конечно, она как бы оппонентом была власти, можно сказать, что скорее она принадлежит к оппозиции. Но она никогда не ангажировалась ни на одного оппозиционного деятеля, ни на одну оппозиционную организацию, ни на правозащитников, ни на Комитет солдатских матерей, ни на кого. Вот такие журналисты добиваются импичмента президента в Соединенных Штатах. Вот таким журналистом она была. Но на Западе такие журналисты добиваются импичмента и продолжают работать, а у нас таких журналистов убивают».
Президент Фонда защиты гласности Алексей Симонов считает, что деятельность Анны Политковской не подпадает под узкое определение политической журналистики: «Я чураюсь всего того, что называется политика. Поразительно, но она никогда не занималась политикой. Она всегда называла конкретных виновников конкретных событий. Из уважения к ней не хочу считать это убийство политическим, хотя догадываюсь, что, наверное, какая-нибудь мерзость за этим политическая стоит».
Детский врач Леонид Рошаль назвал погибшую «огромной личностью, очень полезной для России»: «Я не могу сказать целиком, что это совесть России, но это человек, который имел свою точку зрения, который говорил об этом открыто, и был удивительно смелым. Я не знаю женщину более смелую, чем она».
Через час после начала панихиды места для цветов у гроба уже не было. Работники ритуального зала выносили гвоздики, розы и лилии на улицу. Здесь ими устлали дорогу к катафалку. В половине пятого гроб с телом вынесли и положили в автомобиль. Всем желающим проститься с Анной Политковской времени не хватило, вход в ритуальный зал опоздавшим преградили милиционеры.
Сотни человек с цветами и венками проследовали за гробом журналистки и наблюдали за погребением. Уходили люди с Троекуровского кладбища уже после шести часов вечера.