Главный редактор "Эха Москвы" Алексей Венедиктов покинул совет директоров радиостанции. Это связано с политикой руководства в отношении бюджета радио, признал Венедиктов. Его пост заняла его заместитель Екатерина Годлина.
Генеральный директор Екатерина Павлова, занимающая этот пост с июня 2015 года по инициативе главного акционера "Газпром-Медиа Холдинг", предложила проект бюджета, против которого возражал Венедиктов. По его словам, у него возник конфликт интересов. Высказываясь о финансовой политике, Венедиктов заявил, что президент России Владимир Путин знает больше о том, что происходит на радиостанции, чем главный редактор и член совета директоров.
В июне 2018 года президент Владимир Путин во время прямой линии сказал, что финансирование государственной компанией "Газпром" радиостанции "Эхо Москвы" без вмешательства в редакционную политику говорит о свободе прессы в России. "Газпром" действительно финансирует эту компанию и не вмешивается в редакционную политику", – сказал тогда президент.
Комментируя эти слова Путина, Венедиктов заявил, что о финансировании со стороны "Газпрома" он не уведомлен не только как главный редактор, но и как акционер. В таком случае, подчеркнул Венедиктов, остаётся вопрос, который задавал генеральному директору ещё в 2014 году покойный ныне бывший министр по делам СМИ Михаил Лесин: "Куда ушли деньги "Газпрома"?"
5 ноября 2015 года Михаил Лесин был найден мертвым в номере отеля "Дюпон Сёркл" в Вашингтоне. Тело Лесина опознано представителем посольства России в США. По сообщению российской прессы со ссылкой на членов семьи, смерть наступила от сердечного приступа. Лесин был похоронен после кремации в Лос-Анджелесе.
10 марта 2016 года судебно-медицинскими органами и полицией Вашингтона была обнародована информация, согласно которой причиной смерти Лесина "стали тупые силовые травмы головы, а также тупые травмы шеи, туловища, верхних и нижних конечностей".
Радиостанция "Эхо Москвы" организована в форме закрытого акционерного общества. В настоящее время 66 процентов всех акций ЗАО "Эхо Москвы" принадлежат "Газпром-медиа", 34 процента поделены между журналистами радиостанции, из них 18 процентов принадлежат Алексею Венедиктову.