30 марта 2005 года Мосгорсуд приговорил Алексея Пичугина к 20 годам лишения свободы, признав его виновным в организации убийств и покушении на убийство. Приговор был вынесен на основании обвинительного вердикта присяжных, которые рассматривали этот дело. Спустя две недели после оглашения приговора Генпрокуратура РФ предъявила бывшему сотруднику службы безопасности НК ЮКОС новые обвинения - в организации убийства и покушениях на убийство по найму.
Согласно данным следствия, вместе с группой лиц он обвинялся «в убийствах в 1998 году директора ТОО Торговая фирма "Феникс" Валентины Корнеевой, которая отказалась принять коммерческое предложение по продаже банку МЕНАТЕП принадлежащего ей помещения в центре Москвы, а также главы администрации Нефтеюганска Владимира Петухова, требовавшего от НК ЮКОС возврата сокрытых налогов и сборов в федеральный, региональный и местный бюджеты».
Кроме того, по данным Генпрокуратуры РФ, «в 1998 и 1999 годах А. Пичугиным были организованы покушения на убийство предпринимателя А. Рыбина, предъявившего ряд судебных исков о взыскании ущерба, причиненного его фирме незаконной деятельностью НК ЮКОС. Все эти преступления А. Пичугин организовывал по указанию члена совета директоров ОАО НК ЮКОС Леонида Невзлина», считает Генпрокуратура РФ.
Отправив дело Пичугина на повторное рассмотрение, Верховный суд оставил в силе приговор в отношении пятерых других подсудимых по данному делу. Они были осуждены на сроки от 7,5 до 19 лет лишения свободы в колонии строгого режима: Владимир Шапиро был приговорен к 19 годам лишения свободы, Геннадий Цигельник и Евгений Решетников - к 18 годам лишения свободы, Михаил Овсянников - к 10 годам лишения свободы, Владислав Левин - к 7,5 годам лишения свободы.