В начале 90-х годов прошлого века, после падения коммунистического режима, часть мемориального комплекса была разрушена, а станция метро, улицы, учреждения и предприятия, носящие имя 26 бакинских комиссаров, были переименованы. В настоящее время от мемориала в центре города сохранилась скульптура рабочего, держащего в руках факел.
Изменилось и отношение азербайджанского общества к бакинским комиссарам, находившимся у власти с марта по июль 1918 года.
По мнению историка, профессора Бакинского государственного университета Эльдара Исмайлова, роль 26 бакинских комиссаров в истории Азербайджана сугубо отрицательная, прежде всего потому, что «они допустили истребление мусульманского населения Бакинской губернии. Более того, они стимулировали карательную акцию в Бакинской губернии против мусульманского населения» в марте 1918 года.
Сейчас в азербайджанском обществе распространено и официально поддерживается мнение о том, что под лозунгами классовой борьбы правительством Степана Шаумяна проводились карательные акции против азербайджанского населения. Героизация и мифологизация 26 бакинских комиссаров в советское время была сугубой идеологией, считает Исмайлов.
Впрочем, несмотря ни на что, Исмайлов заявил, что он «вообще против уничтожения того, что символизирует прежнюю эпоху».
Такой же точки зрения придерживается лидер Социалистической партии Азербайджана Руста Шахсуваров: «Ни в одном цивилизованном государстве мира власти не ведут борьбу с памятниками истории, не воюют с историей своего народа».
Не согласен Шахсуваров и с акцентированием внимания на национальном составе Бакинской коммуны: «В то время все эти национальные вопросы были на втором плане, на первом плане были вопросы социальные, шла социальная революция, где участвовали все нации, входившие в состав многонационального общества Российской империи».