Маккиннон обвиняется в том, что в 2001 и 2002 годах он проник в компьютерные сети NASA, Министерства обороны, военно-морских и военно-воздушных сил США. Американские военные утверждают, что Маккиннон вывел из строя 300 компьютеров, управляющих оружейными установками военно-морских сил, и это произошло сразу после 11 сентября. Сам Маккиннон говорит, что не имел никаких деструктивных намерений. Он искал информацию об НЛО, которую – по его убеждению – имеют, но тщательно скрывают американские военные ведомства. В одном своих интервью Маккиннон говорил, что компьютеры американских военных организаций были практически не защищены, и то что в них не проник кто-то другой почти случайность.
Адвокаты Маккиннона надеются, что Высокий суд, который состоится в Лондоне в январе, учтет пожелания премьер-министра, но главным образом они рассчитывают на то, что будет принята во внимание болезнь Маккинона – он страдает особой формой аутизма – болезнью Аспергера. Но до сих пор все суды подтверждали необходимость экстрадиции Маккиннона.