Дело Алексея Пичугина рассматривалось в Мосгорсуде заново после определения Верховного суда, куда с кассационными жалобами обратились как адвокаты Алексея Пичугина, так и представители Генеральной прокуратуры, где посчитали, что 24 года колонии - слишком мягкий приговор. Верховный суд отменил его в феврале этого года. Тогда адвокаты говорили, что и у их подзащитного появилась хоть небольшая, но надежда на то, что теперь суд вынесет оправдательный приговор. И вот повторное судебное следствие завершилось.
Об процессе в интервью Радио Свобода рассказал адвокат Алексея Пичугина Георгий Каганер : « Верховный суд сделал так, что не один юрист, который встречается, говорит: “ А как могли так сделать - в отношении Пичугина отменить приговор, а в отношении других приговор оставить без изменения? ” В их приговоре в отношении Решетникова, Цигельника, Овсянникова и Шапиро Пичугин проходит организатором всех преступлений, а в отношении Пичугина отменяется приговор. Что, надежда была, что будет вынесен в отношении него оправдательный приговор? А потом допрашивали лиц, которые были осуждены, - Решетникова, Цигельника, Овсянникова и Шапиро, - их допрашивали по делу Пичугина в качестве свидетелей! Эти лица говорили все то, что им бог на душу положил. Или не бог положил, а в уста вложили совершенно другие люди » .
В Генеральной прокуратуре России Алексея Пичугина считают виновным в убийствах в 1998 году директора фирмы «Феникс» Валентины Корнеевой, которая отказалась принять коммерческое предложение по продаже банку «Менатеп» принадлежащего ей помещения в центре Москвы, а также главы администрации Нефтеюганска Владимира Петухова, требовавшего от ЮКОСа возврата сокрытых налоговых сборов в федеральный, региональный и местный бюджеты. Кроме того, по версии Генпрокуратуры, в 1998 и 1999 годах по указанию члена совета директоров ЮКОСа Леонида Невзлина Пичугин организовал покушение на предпринимателя Рыбина, предъявившего ряд судебных исков о взыскании ущерба, причиненного его фирме незаконной деятельностью ЮКОСа.
Собственно, за время, прошедшее со дня вынесения первого приговора по этому делу, ничего нового в обвинительном заключении не прибавлялось. Однако во время нового судебного следствия многие свидетели изменили показания, которые давали на прежнем процессе.
Сам Алексей Пичугин на протяжении четырех лет отказывается признавать себя виновным, заявляя, в том числе, что дело против него сфабриковано. Косвенным тому подтверждением можно считать, например, заявления некоторых участников предыдущего судебного разбирательства. Так один из ранее осужденных - Михаил Овсянников, он получил 10 лет колонии, - во время прошлого судебного процесса отказался от показаний против себя, а также Алексея Пичугина, Леонида Невзлина и Михаила Ходорковского, заявив о давлении со стороны Генпрокуратуры. Но ни тогда, ни теперь эти заявления, по словам адвокатов не были учтены. Хотя Георгий Каганер сказал, что многие доводы защиты в пользу невиновности Алексея Пичугина нашли подтверждение в ходе последнего судебного следствия. Тем не менее, гособвинитель Камиль Кашаев во время судебных прений вновь потребовал приговорить Алексея Пичугина к пожизненному лишению свободы.
« Они требуют пожизненного , - говорит адвокат. - То есть такое впечатление, как будто они не присутствовали в зале судебного заседания. Все эти нарушения, которые были, которые допущены, доказательства, на которые они ссылались, они опять на них ссылаются. Не потому что мы защищали Пичугина, и у Пичугина такая позиция не признавать себя виновным, а мы искренне разделяли позицию, потому нет доказательств причастности Пичугина к преступлению. И хочется всегда надеяться на лучшее. Хотя вот обвинительный приговор будет, и весь разговор – дрогнет или не дрогнет рука у судьи определить ему пожизненное при наличии всего того, что в деле ».